Pernille Ebert har studeret på Det Kgl. Danske Musikkonservatorium i København, hvor hun afsluttede med Diplom i maj 2004. Hun beskæftiger sig med tidlig og nutidig musik og optræder som både solo- og kammermusiker i forskellige sammenhænge.

Hun har spillet med Holmens Barokensemble, Esbjerg Ny Opera, Malmö Barockorkester, Camerata Øresund, Enghave Barok, Opus 4 og optrådt som solist med bl.a. Solamente Naturali i Bratislava, The Skálholt Bach Consort i Island, Camerata Øresund og SpisskyDuo i Firenze, til Festspillene i Bergen, og rundt omkring i Sverige og Danmark

Hun er desuden medlem af blokfløjtekvartetten In Consort, barokorkestret Camerata Øresund og SpisskyDuo og underviser i blokfløjte på Rødovre Musikskole.